Las funciones que tiene atribuidas el Servicio de Planificación en el Medio Natural son:
- Impulsar y tramitar la declaración y ampliación de los espacios de relevancia ambiental, como los parques naturales, las zonas de especial protección para las aves (ZEPA) y los lugares de importancia comunitaria (LIC).
- Mantener actualizada la información de los espacios Red Natura 2000, tanto la información cartográfica como la incluida en el Formulario Normalizado de Datos (FND) y comunicar los cambios a la administración estatal.
- Redactar y tramitar las circulares sobre la tramitación y la evaluación de la afección de determinadas actividades que pueden afectar a los sitios de la Red Natura 2000, como la circular sobre pruebas deportivas o filmaciones.
- Colaborar en la redacción de planes y acuerdos nacionales e internacionales relativos a la biodiversidad, como la Estrategia Estatal de Infraestructura Verde y de la Conectividad y Restauración Ecológicas.
- Evaluar la posible afección de los planes, programas o proyectos que se lleven a cabo dentro de espacios Red Natura 2000 no incluidos dentro de un espacio natural protegido. Esta evaluación se hace tanto para los proyectos incluidos dentro de la normativa de evaluación de impacto ambiental, caso en el que se finaliza el procedimiento con la emisión de un informe técnico, como para los no incluidos, tales como las instalaciones de temporada, las filmaciones, las actividades y competiciones deportivas, los proyectos de obra, etc. En este caso, el procedimiento finaliza con la emisión de una resolución que certifica si el plan, programa o proyecto puede afectar significativamente o no al espacio protegido, tal como establece el artículo 39 de la Ley 5/2005, de 26 de mayo, para la conservación de los espacios de relevancia ambiental.
- Participar en los dos subcomités en que se organiza actualmente el Comité Técnico de la Comisión de Medio Ambiente de las Islas Baleares: el Subcomité de Evaluaciones Ambientales y el Subcomité de Autorizaciones Ambientales Integradas.
- A nivel nacional, participa en el "Comité de Humedales" y al "Comité de Espacios Protegidos" y se encarga de elaborar y actualizar la propuesta balear de inclusión de zonas húmedas en el Inventario Español de Zonas Húmedas.